内设机构：办公室、综合业务科、督察整改科、组织人事科、法制信访科、财务科、生态环评科、水生态环境科、大气环境科、应对气候变化科、土壤环境科、核与固废监管科、应急管理科、科技信息监测科、移动源管理科。

局属事业单位：郑州市新郑综合行政执法大队、郑州市新郑生态环境监测站，郑州市新郑生态环境技术服务站。