（一）办公室
负责处理机关日常政务工作；负责档案、文印、会务、保密、政务公开、公文处理、目标管理、综合治理、印鉴管理、督查督办等工作；组织编制全市环境功能区划、环境保护规划；协调、审核环境保护专项规划；审核城市总体规划中的环境保护内容；负责环境保护基本建设投资、环境保护专项资产的管理工作；承担机关和所属事业单位财务、国有资产管理、政府采购、内部审计工作；组织和协调全市环境保护新闻宣传和教育工作；推动公众和非政府组织参与环境保护及重大节日的宣传教育工作；负责各级新闻媒体对我市的环境宣传教育工作；负责环境宣传教育方面的信息上报工作；负责“绿色机关”、“绿色学校”、“绿色医院”、“绿色社区”、“绿色饭店”等创建工作；负责上级环保部门安排的其他宣教相关事宜。
   (二)编制人事科
负责局机关及所属事业单位的机构编制、人事、行政审批制度改革、老干部、离退休人员等管理工作；承担环境保护行政体制改革的有关工作；负责机关及所属单位的计划生育、工会、妇联工作。
   (三)行政审批科
负责权限内的建设项目环境影响评价审批和管理工作；负责权限内建设项目竣工环境保护验收工作；指导全市建设项目的环境管理工作；负责防治污染设施的拆除或闲置运行审批工作；负责落实排污许可证制度；按照《河南省排放污染物许可证管理办法》筛选重点排污单位名录，督促企业办理排污许可证；对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地方，承担暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目的环境影响评价文件工作；负责审批权限内生态影响类建设项目环评报告；负责权限内生态类建设项目竣工环境保护验收工作；配合指导矿区复垦、矿山生态破坏恢复整治工作。
   (四)法制信访科
组织全市环境保护执法检查；负责局行政复议和行政赔偿事务的日常工作；负责人大建议、政协提案的答复工作；具体承办组织行政诉讼案件应诉工作；组织建立全市环保系统环保执法责任制并监督实施；组织环境法制培训，负责全局行政执法证件的管理工作；做好信访、矛盾排查、不稳定因素排查等各项工作并及时上报各类报表。
    (五)污染防治科
负责组织拟订全市大气、水体、挥发性有机物、城区土地、噪声、光、恶臭、化学品、持久性有机污染物等的污染防治工作政策、规划、规范并组织实施；负责编制全市重点区域和流域污染防治规划并组织实施；负责全市大气环境综合整治工作，拟订全市蓝天工程行动计划实施方案并组织实施；负责全市禁燃区建设工作；拟订我市高污染燃料禁燃区建设工作实施方案并组织实施，做好禁燃区的建设及巩固工作；负责全市水环境综合整治工作；拟订全市碧水工程行动计划实施方案并组织实施；负责城市环境综合整治定量考核；负责监督实施全市饮用水源保护工作；组织指导城镇环境综合整治工作；组织实施污染源限期治理和污染防治设施等环境管理制度；参与调查处理重大环境污染事故与环境违法案件；指导协调突发环境事件的应急工作；协调全市的环境污染纠纷；贯彻执行国家颁布的各类环境保护标准和技术规范；组织编制环境保护科技发展规划和计划；组织协调环境保护科学研究和技术引进；管理环境保护科技成果；组织推广企业清洁生产；参与指导和推动循环经济与环保产业发展。
   (六)自然生态保护科
指导风景名胜区、森林公园的环境保护工作；协调生态市(县)建设规划的实施工作；指导全市生态乡镇和生态村创建工作；指导全市农村生态环境保护工作；指导生态示范区建设工作；配合矿区复垦、矿山生态破坏恢复整治工作。
    (七)危险废物和辐射环境管理科
对全市危险废物、电磁辐射、射线装置和伴生放射性矿产资源的开发、生产、销售、储存、使用中的污染防治以及放射源退役后的安全和保护设施监督管理工作；
    (八)污染物排放总量控制科
负责拟订全市主要污染物排放总量控制计划和工作实施方案，合理分配预支增量，有效控制主要污染物排放量；监督管理全市重点减排工程、项目的建设和运行以及减排政策、措施的落实；定期填报主要污染物总量减排调度表；整理报送减排项目档案；承担全市环境统计工作和污染源普查工作；按时组织企业填报环境统计年报表和季报表，报送数据及工作总结；按省、市要求开展排污权交易工作。

纪检（监察）、机关党组织机构按有关规定设置。